零之轨迹的核心流程分为序章、七个正章和终章共九个部分，隐藏任务集中挂在游击士手册的委托系统与雪之绊事件线上，触发条件通常是特定支援课成员的好感度或特定克罗斯贝尔市民对话达标之后，手册页面会自动新增一栏。这类隐藏内容不会出现在主线提示栏里，只能靠手册翻页确认。
主线部分按“黎明前的时间”这条大事件推进，序章负责建立洛伊德与支援课的关系，正章一到四偏重克罗斯贝尔各分区的委托积累，正章五到七转向财阀与自治州地位的政治线，终章收束全部支线并触发结局分支。每一章开场都有独立的进度记录，一旦剧情推进到当章末尾的车站或港口场景，未完成的委托会被系统直接标记失败。
造成这种结果的是一个不可逆的“章节锁”，游戏在每章末尾设置一个固定触发点，通常是登上飞行船、进入终局审判庭或与财阀代表会面的场景。触发点之前手册里挂着的委托，即便条件已经满足，只要没有回收奖励就会被清空，因此在推动大型剧情节点前先翻一遍手册比事后补救更省时间。
隐藏任务与支援课判定逻辑
支援课成员的好感度分为可见的支援等级和不可见的隐藏参数两层，可见等级决定战斗连携技能，隐藏参数决定专属剧情能否触发。达到条件后，专属剧情会在特定时间段——通常是傍晚到夜间——出现在角色的固定活动地点，过了这段时间直接跳过，不会补触发。
隐藏任务大部分挂在游击士评价栏目下，分为委托完成率与克罗斯贝尔市民信赖度两条独立进度。委托完成率达到章节设定的百分比阈值，会解锁额外的支援课内部剧情和限定装备；信赖度则影响商店折扣，并会带来部分NPC赠送稀有材料的机会，概率不高但并非固定为零。
克罗斯贝尔全区的收集要素主要是分布在各分区的隐藏箱子和限时委托，箱子位置固定不随进度刷新，但部分委托只在特定天气或时间段出现，错过当章即视为永久消失。财阀相关的隐藏支线集中在正章五之后，涉及对财阀高层的调查任务，完成度会影响终章部分剧情台词的细节，但不改变主线结局走向，属于补全世界观类的隐藏内容。
手册中标注问号的委托代表条件尚未满足，标注感叹号的代表已可提交，留意手册页码的变化比反复跑图更省时间。
