火红版全流程分为八道馆挑战、火箭队剧情线和四天王终战三大板块，主线推进卡点集中在第三、五、七道馆前，需分别击败圣安努斯号火箭队、火箭队基地和双子岛剧情才能解锁。初始御三家选妙蛙种子能压制前两个道馆，小火龙在中后期打四天王时优势更明显，杰尼龟攻守均衡但缺少明显强势期。
新手常在真新镇拿到图鉴后直奔常青森林，实际正确路线是先往西走到22号道路触发对手战，战败后回镇子找大木博士拿图鉴和精灵球，这时才能开始捕捉。常青森林里皮卡丘出现率不到5%，想抓需要反复遇敌，但战力不如同期能抓到的小拉达和波波实用。尼比市道馆馆主小刚的大岩蛇物防极高，草系、水系技能能打出四倍伤害，火系和普通系打起来很吃力；妙蛙种子10级学藤鞭后直接碾压，杰尼龟要等16级学水枪，小火龙建议在3号道路练到16级学金属爪，或者抓只6号道路的腕力用空手劈。
月见山通关后会遇到火箭队小兵守在24号道路，这里很多人卡关是因为没去华蓝市北边的民居拿技能机挖洞，拿到后教给队伍里的地面系精灵能快速清场。华蓝道馆的小霞用海星星和宝石海星，弱点是草系和电系，皮卡丘或走路草都好打。圣安努斯号剧情必须打完，船长房间拿到居合斩才能砍掉枯叶道馆门口的树，这个道馆的马志士用雷丘，地面系一击秒杀，飞行系和草系会被电系技能反制。
中后期捕捉与练级要点
彩虹市游戏城兑换的迷你龙、伊布和卡蒂狗值得投币，迷你龙进化成快龙是后期主力，伊布可以根据队伍配置进化成水、火、雷三种形态。10号道路发电厂剧情触发需要先在无人发电站捡齿轮，交给厂长后才能在25号水路遇闪电鸟，建议存档后用大师球捕捉。彩虹道馆馆主莉佳全员草系，飞行系和火系轻松过关，但火系要注意对方可能携带岩石系技能反制。紫苑镇幽灵塔顶层遇到的嘎啦嘎啦无法捕捉，击败后拿到魂之塔通行证即可。
金黄市火箭队基地地下四层的传送板谜题，正确路线是右上传送到左下房间，再走左下传送点到右上角，最后从中间传送点到达老大房间。击败坂木后拿到大师球，这是全游戏唯一一个百分百捕获的球，建议留到超梦或三神鸟时用。浅红道馆的阿桔用毒系精灵，超能力系和地面系克制，但队伍里最好带只会飞天或挖洞的精灵应对瓦斯弹的自爆。双子岛冰洞推冰块谜题需要把石头推到坑里才能走到急冻鸟位置，顺序是先推左边竖排三个石头的中间那个向下，再推右边横排石头最左边的向左。红莲道馆夏伯的火系队伍被水系完克，但他的鸭嘴火龙会用火焰拳打水系，卡比兽或乘龙扛伤害更稳。
常青道馆二次开启后馆主换成坂木，地面系阵容被水系和草系双重克制。四天王希巴的格斗系怕超能力系和飞行系，科拿的冰系被火系和格斗系压制，菊子的幽灵系用恶系技能或同属性幽灵系对攻，阿渡的龙系阵容实际只有快龙和刺龙王是龙属性、其余三只是飞行系，冰系技能对快龙四倍伤害但打不动暴鲤龙和化石翼龙，建议准备电系精灵补刀。冠军对手的队伍构成取决于初始御三家选择，他的主力精灵等级在61到63之间，比四天王高出5级左右，需要提前在冠军之路练到58级以上再挑战
